Autorkou termínu canisterapie se stala v roce 1993 Jiřina Lacinová, která byla současně se sdružením Fília průkopníkem a osvětovým pracovníkem v tomto oboru. Doktorka Lacinová vytvořila první metodiku léčebných kontaktů handicapovaných dětí se saňovými psy a v roce 1995 ji představila na ženevské konferenci. V roce 1995 se Česká republika stala členem IAHAIO, prostřednictvím asociace AOVZ – Asociace zastánců odpovědného vztahu k malým zvířatům.
V roce 1996 založila Zdenka Galajdová dnes už neexistující Canisterapeutickou společnost Praha a snažila se prosazovat „Programy psích návštěv". Velkým přínosem bylo vydání odborné publikace o canisterapii v roce 1999 od MUDr. Lenky Galajdové.
Programy psích návštěv jsou v ČR nejrozšířenější a nejoblíbenější formou canisterapie.
V roce 2003 byla vytvořena Canisterapeutická asociace (CTA), která usilovala o status organizačního a odborného garanta jakékoliv canisterapeutické činnosti. Její členové se snažili o to, aby se dosáhlo jednotného a kvalifikovaného testovacího řádu pro canisterapeutické psy tak, aby složené zkoušky byly srovnatelné a odborně zaštítěné. Bohužel záměr se nepodařil a organizace zanikla …

Historie
Pes je jako průvodce člověka známý už v dávné historii. Vztah člověka a psa se táhne staletími a nikdo se už nepodiví nad určitým partnerstvím, které se mezi nimi vytvořilo. Pes sloužil člověku jako pomocník a zejména přítel a společník po tisíce let. Vyskytuje se v náboženství mnoha kultur, v bájích a legendách. Léčivá síla byla spojována s náboženskými představami a rituály. Pro člověka je pes symbolem mnoha dobrých vlastností, zejména věrnosti a oddanosti, neschopen lidských špatností. Vždyť každý zná rčení, že nejlepším přítelem člověka je právě pes.
Canisterapie jako součást zooterapie má velmi starou historii.
Vyvinula se na podkladě zkušeností prověřených staletími. Ve starověkém Babyloně doprovázel lékaře pes, který léčivou mocí svých slin pomáhal uzdravovat rány nemocného. Lidé dokonce věřili tomu, že pokud pes olízne oči slepého člověka, navrátí mu tak jeho zrak. Tato víra se odráží ve francouzském přísloví "Jazyk psa slouží jako lék." Ve starém Řecku se psi zase používali k léčení revmatismu. Malí psíci se přikládali na nemocná místa pacientů.
První záznam využití zvířat jako doplňkové terapie z 9. stol. z Belgie. Předpokládalo se, že stav pacientů s mentálním postižením pozitivně ovlivní vzájemně a svobodně se vytvářející citové vazby člověka a zvířete.
Další záznam pochází až z konce 18. stol. V roce 1792 byla v Anglii v Yorkshiru založena klinika s cílem pečovat o duševně nemocné. Nepoužívaly se dosavadní „léčebné“ postupy podobné vězeňským, jak bylo v té době obvyklé, ale způsoby co nejvíce aktivizující. Součástí programu byla také péče o zvířata, zejména králíky a drůbež, s cílem naučit pacienty zodpovědnosti péče o tvory, kteří jsou na nich závislí.
V roce 1867 zahájil svou činnost v Bielefeldu v Německu. Tento domov pro lidi s epilepsií je dnes rozsáhlým centrem pečující o lidi s nejrůznějším postižením. Zvířata, zejména psi, kočky, ptáci a koně, se zde od počátku stala jeho samozřejmou součástí.
První použití zvířat v nemocnicích v USA se zřejmě odehrálo v roce 919 v nemocnici St. Elizabeth ve městě Washington. Psi zde byli použiti jako rozptýlení pro pacienty a válečné oběti.
Další záznam pochází ze 40. let z New Yorku. V sanatoriu pro zraněné letce za 2. světové války zvířata pomáhala udržovat mysl rekonvalescentů v aktivitě a odváděla jejich pozornost od válečných událostí a vlastních zranění.
V roce 1966 bylo v centrálním Norsku založeno rehabilitační centrum pro zdravotně postižené, které začalo využívat psy a koně jako nedílnou součást terapií.
Již od 2. světové války bylo vynakládáno nemalé úsilí o začlenění zvířat do klinické psychologie. Průlom se podařil v roce 1969, kdy americký dětský psycholog Boris Levinson vlastně náhodou objevil, že zvířecí společník může být velmi cenným spoluterapeutem emocionálně narušených dětí. Při výzkumech, které v 70. letech prováděl, si ověřil, že zvířata fungují jako přechodné objekty, kdy si dítě nejprve vytvoří vztah ke zvířeti a přes něj poté i k terapeutovi a dalším lidem. Zformuloval hypotézu, podle níž zvířata nepředstavují způsob vyléčení, ale působí jako sociální katalyzátor, který zahajuje a podněcuje společenský kontakt.
Od tohoto období se datuje systematický rozvoj této metody, k němuž přispívá její objektivní hodnocení a univerzitní výzkumy. Jednotlivci se začali spojovat ve sdružení a společnosti. Dochází ke vzájemné spolupráci a výměně informací.
Jedna z významných organizací, Delta Society, vznikla v USA v r. 1977. Měla za cíl usměrňovat vznikající aktivity v oblasti terapie za pomoci zvířat. Vytvořila standardy, systém hodnocení programů a akreditace. Svoji činnost postavila na terapeutickém využití psů a koček. Dobrovolníci se svými zvířaty navštěvují klienty v různých zařízeních.
Pro spolupráci na mezinárodní úrovni vznikla v roce 1990 mezinárodní asociace (IAHAIO) International Association of Human – Animal Interaction Organisations.
Sdružuje jednotlivé národní organizace pracující v oblasti výzkumu i praktické aplikace terapeutických programů se zvířaty, koordinuje jejich aktivity, usnadňuje výměnu nejnovějších poznatků a zkušeností mezi nimi, vypracovává mezinárodní standardy, zlepšuje informovanost. Pravidelně jednou za tři roky také pořádá mezinárodní konference. Osmá v pořadí byla v září 1998 v Praze a poslední v roce 2021 v Green Chimneys, New Brewster New York.